L'utilisation de logiciels de visualisation de molécules en 3D (RasTop, MolUSc, ProteinExplorer, Chime, Jmol...) est devenue une activité classique. Les fichiers utilisés sont le plus souvent au format pdb.
Un fichier au format pdb peut être ouvert dans un traitement de texte. Les lignes commençant par "ATOM" décrivent les caractéristiques de chaque atome :
1. On recueille des données par cristallographie aux rayons X ou par spectroscopie de RMN (Résonance Magnétique Nucléaire). De nombreuses structures possibles correspondent à ces données. 2. Grâce à des algorithmes plus ou moins complexes, on
calcule l'énergie potentielle associée à chaque
structure. La structure la plus probable est celle présentant
l'énergie minimum. 3. On peut ensuite comparer les données à la structure retenue et estimer un coefficient d'adéquation R compris entre 0 et 1 :
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Exemple de données obtenues Cliquer sur l'image pour |
C'est informations figurent souvent dans la première partie du fichier pdb. Exemple :
Les coordonnées utilisées
pour l'affichage des atomes ne sont pas mesurées sur la molécule,
mais calculées.
Il existe une multitude de structures possibles. La structure représentée
est la structure la plus probable à une température donnée.
L'image renvoyée par le visualiseur est un modèle (= modélisation moléculaire)
Cette image provient de Wikimedia Commons.
Description : X-ray diffraction pattern of crystallized 3Clpro, a SARS protease.
(2.1 Angstrom resolution).
Date : April 2006
Auteur : Jeff Dahl