Modèles et modélisation en SVT : NetLogo (fiche technique)

NetLogo

Fiche technique du modeleur

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Préparation

Télécharger NetLogo (version 4.1 au minimum), puis l'installer.

Télécharger l'application NetLogo OutilsModelisation.nlogo permettant de construire des modèles (clic droit sur le lien, puis Enregistrer sous...)

Ouvrir NetLogo puis ouvrir le fichier OutilsModelisation.nlogo (avec File - Open).

Une deuxième fenêtre s'ouvre : déplacez et redimensionnez les fenêtres pour qu'elles soient côte à côte.

Sauvegarder immédiatement dans un fichier (après avoir éventuellement renommé) dans votre espace de travail.

Construction du modèle

On travaille dans l'onglet Diagram de la fenêtre System Dynamics modeler

Créer un compartiment

Cliquer sur l'icône puis sur l'écran ; le compartiment apparaît

Double-cliquer dessus (ou cliquer sur le bouton si le compartiment est sélectionné) pour y mettre :

Name (son nom) : utiliser exclusivement des lettres non accentuées et des chiffres (pas d'espace ni de signe de ponctuation)
Initial Value (sa valeur initiale) : un nombre (la virgule décimale est un point) ou une variable déjà définie
Décocher éventuellement Allow negative values si vous souhaitez que les valeurs de ce compartiment ne soient jamais négatives

! Pour modifier un objet déjà à l'écran le sélectionner puis cliquer sur Edit

Créer un flux

Cliquer sur l'icône

Bouton gauche enfoncé indiquer son point de départ et son point d'arrivée.

Double-cliquer sur le flux (ou cliquer sur le bouton si le flux est sélectionné) pour y mettre :

Name (son nom) : utiliser exclusivement des lettres non accentuées et des chiffres (pas d'espace ni de signe de ponctuation)
Expression : un nombre (la virgule décimale est un point) ou une formule

! Pour prendre en compte un tableau de données dans un flux ou une variable utiliser la fonction : tableauCsv «NomDuFichier.csv»

Créer une variable

Cliquer sur l'icône

Double-cliquer sur la variable (ou sur le bouton « Edit » si la variable est sélectionnée) pour y mettre

Name (son nom) : utiliser exclusivement des lettres non accentuées et des chiffres (pas d'espace ni de signe de ponctuation)
Expression : un nombre (la virgule décimale est un point) ou une formule

! Attention : dans les formules il faut séparer les signes d'opérations et les nombres ou les variables par des espaces

Créer un lien

Cliquer sur l'icône

Bouton gauche enfoncé indiquer son point de départ et son point d'arrivée

Création de l'interface

On travaille dans l'onglet « Interface » de la fenêtre « NetLogo »

Créer une zone de saisie

Elle permettra à l'utilisateur de saisir une valeur, par exemple l'année du début de la modélisation :

Choisir Input (dans le menu déroulant à droite de Add) et le positionner à l'écran (dans la partie blanche)
Compléter les informations demandées : Gobal Variable : debut (sans accent) ; Type : number (ne pas cocher multiline) ; cliquer sur OK puis taper la valeur désirée

Créer de même une zone de saisie pour l'année de fin de la modélisation : Global Variable : fin

Créer un graphique

Cela permettra de représenter un compartiment ou une variable du modèle

Choisir Plot dans le menu déroulant à droite de Add et compléter les informations demandées :

Name : identifiant du graphique ;
Xaxis label : nom de l'axe des abscisses ;
Xmin et Xmax : graduations ; de même pour l'axe des ordonnées
Cocher Autoplot ; cocher Show Legend si vous voulez qu 'apparaissent les légendes des graphiques

! Choisir un identifiant court pour le graphique : vous devrez le taper ensuite plusieurs fois éventuellement (voir le bouton GO). Vous pouvez ensuite donner un titre plus explicite au graphique en utilisant un outil Note que vous disposez au dessus

Cliquer sur Create et donner le nom du compartiment ou de la variable que vous voulez représenter puis valider.

Dans le menu Choose pen to edit choisir default et supprimer avec delete

(Vous pouvez aussi créer d'autres graphiques pour représenter d'autres compartiments ou variables)

Créer un bouton

Choisir Button dans le menu déroulant à droite de Add et le positionner sur l'écran

Mettre dans la ligne Display name : INIT ;
Mettre dans la fenêtre Commands : setup

Créer un autre bouton

Mettre dans la ligne Display name : GO ;
cocher Forever puis :
- pour une courbe représentant un compartiment ou une variable, taper dans la fenêtre Commands une ligne :
  Graph "identifiant du graphique" "nom de la variable ou du compartiment"
  Terminer par une ligne où vous tapez : go
- pour une courbe représentant les données d'un fichier csv, taper une ligne avant la ligne go :
  GraphCsv "identifiant du graphique" "fichier.csv"

! Attention : dans ce dernier cas vous devez avoir préalablement créé avec Create une courbe ayant pour nom "fichier" sans .csv

Autres possibilités

Créer un curseur (Slider) représentant les valeurs d'une variable ;
Créer une zone d'affichage (Monitor) pour une variable ou un compartiment ;
Créer une note (Note) pour afficher un texte fixe ou un titre. (On peut aussi créer un menu déroulant, une bascule et une zone d'affichage dynamique de texte)

! Clic-droit sur un outil d'interface déjà créé permet de le modifier (Edit), le déplacer (Select) ou le supprimer (Delete)

Exécution du modèle

! Remarque : en général il est préférable de ralentir l'exécution en déplaçant vers la gauche le curseur normal speed

Cliquer sur INIT, attendre que le bouton redevienne bleu, puis cliquer sur GO (vous pouvez interrompre l'exécution en cliquant à nouveau sur sur GO)

En cas d'erreur à l'exécution revenir dans l'onglet Interface pour corriger

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